(👷)ある日、沖縄の海に奇怪な生(shēng )物が現れた。オニヒ(🤢)トデを思わせる「それ」は毒液で漁師を(💤)負傷させ、瞬(shùn )く間に日本全域に広がっ(⚫)た。それは(🎩)伝説のニライカナイの古代文明が環境汚(yú )染の解決の為(🗑)の生体浄化システムとして生(shēng )み出したが(⏺)、暴走したために結(jié )果としてニライカナイの滅亡の一因となった怪獣ダガーラの復活の前兆であった。　　エリアス姉妹は地球(🏯)の危機を察知して石(shí )垣島へ飛ぶと、そこにはニライカナイから来(🦇)た小生物ゴーゴが出(chū )現し、その尾(wěi )の装飾リングから宝(🙎)がある事を悟った(😙)本土からの密猟者と、ゴーゴを保護した(🏴)地元の少女たちがいた。エリアス姉妹は「ニライカナイの遺跡にはダガーラを倒す秘宝がある」という伝説を知って(❄)いた。少女た(👅)ちとエリ(🍯)アス姉妹、そして姉妹と対立する黒い(🈸)妖精ベルベラと密猟者はそれぞれ組んで海へ出る。　　ゴーゴの手引きでニライカナイの遺跡であるピラミッ(📸)ドが海(👅)から出現した。だが、宝捜し(🚔)をしている頃、石垣島にダガーラが上陸し暴(🍏)れ出したため、エリアス姉妹はモスラを召喚して(🤟)戦いを挑む。ダガーラとモスラは石垣島から西表島まで空(kōng )中戦を繰り広げ、遺跡のピラミッド付近で海中戦と(🤩)なり、モスラは海での戦いを得意とするダガーラに海に引き(🎦)ずり込まれた。そしてダガーラは「それ」 = 無(🏌)数のベーレムをモスラに取り付かせ、モスラは戦闘(dòu )不能に陥った。エリアス(😇)は必死にモスラに取り付いたベーレムを剥がそうと試みるが、あまりにも沢山付いているため、全(📊)くきりがない(🈳)。絶体絶命(mìng )のピンチに陥ったモスラ、宝の発見は急務となった。　　遺(yí )(🥗)跡(jì )の中のトラップをくぐり抜けた少女たちと密猟者は、辿りついたホールでニライカナイの王女の立体映像(xiàng )から「(🈷)ゴーゴが宝の(🔰)主と(🥟)して少(shǎo )女 = 汐里(lǐ )を(😛)選んだ」事を告げられる。だが、ダガーラはピラミッド(〰)を襲撃してきた! 崩壊するピラミ(🥪)ッドの最(zuì )中、モスラはゴーゴの「命の水(👬)」の力により、取り付(🧛)いたベーレム(😍)は取り払われ、さらにレ(📔)インボーモスラと(🖐)な(📎)ってパワーアップし、再びダガーラと再戦する。さっ(🍉)き(🏆)までの状況とは一変(✝)し、今度はモスラが優位に立った。ダガーラが再び海中に潜った時、モスラはアクアモ(🍟)スラに変身し、戦いの舞台は、海底に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な攻撃を与えるモス(🍪)ラ。さらに分(fèn )身モードとなり、ダガ(🐯)ーラの体内(🏾)か(🌺)ら(⛺)、(🈵)ベーレ(👭)ムを倒しな(💬)がら攻撃し、遂にダガーラは倒れ、その後、ピラミッドと共に消滅。モスラも海から出てきた後、元の姿のレインボーモスラに戻り、インファント島に帰って行き、危機は去ったのであった。