上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能(🕰)力和使(shǐ )命，中弹复活(huó )后，变成了无(wú )(🏴)所不能的(💤)“救世(shì )主”，他(🎲)和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎(yíng )。　　此时，“母体”决定先(xiān )下手(shǒu )为强，派出了两万(🌊)五千只电子乌贼攻击锡安(🏂)基地；(🤸)墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进(jìn )入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤(💔)史密斯似乎出(💍)了点问题，脱离(🏻)了“母体”的(de )(🥋)控制，拥有(yǒu )可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。