继续延续上一季的剧(✒)情，原来穆德受(shòu )了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不(🚤)该进入的地方”搜集需要的资料。本季(jì )发展越来越精彩，一些没有(🎫)被完全改造的混血外星人联合(🕕)起来抵抗殖(zhí )民阴(⏺)谋。史考(kǎo )莉被绑架时(shí )子宫被移除，但今年却出现了她的孩(💻)子——艾(🔝)蜜莉。今年制作小组(㊙)甚至找了两位知名科(kē )幻小说家操笔，客串写出两集剧(⛳)本。另外今年(🐀)也有一集喜剧。整出X档案(❕)为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明(míng )显，穆德再一次(cì )接近事实的真相。穆德前女(👵)友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重(chóng )大考验。该季结束于(yú )吸烟(yān )人烧毁了所有(yǒu )(📤)X档案卷宗。